Objetivos estratégicos
Este grupo se dedica al estudio de la epidemiologia de los agentes infecciosos desde diferentes puntos de vista, como son la incidencia en diferentes grupos de población, la influencia de las nuevas vacunas, su caracterización molecular y la aplicación de nuevas técnicas de secuenciación masiva a su estudio.
El aumento de la resistencia antimicrobiana es un reto presente y de futuro para la salud humana lo que hace imprescindible su investigación y seguimiento.
Líneas de investigación
- Infección por Streptococcus pneumoniae
- Infección neumocócica invasiva pediátrica y en adultos: incidencia, serotipos y genotipos
- Infección neumocócica no invasiva: otitis y conjuntivitis. Serotipos y genotipos
- Estudios vacunales. Impacto de las nuevas vacunas conjugadas 20- y 21-valente. Comparación con la vacuna conjugada 13-valente. Estrategias de vacunación
- Caracterización mediante WGS de aislamientos de S. pneumoniae de especial interés clínico, epidemiológico y de resistencia
- Infección por Streptococcus pyogenes
- Estudio de la resistencia a antimicrobianos en general y en función de la presentación clínica
- Incidencia y caracterización (genotipos y exotoxinas) de cepas en función de la presentación clínica: enfermedad invasora, infección respiratoria, otitis, vaginitis, infección dérmica, etc
- Neumonía por S. pyogenes. Aspectos clínico-epidemiológicos
- Reinfecciones por S. pyogenes
- Infección respiratoria causada por virus
- Infecciones por virus Influenza. Caracterización genética (WGS) de las cepas estacionales (H1p, H3)
- Estudio de la resistencia a antivirales en los virus Influenza
- Infecciones por Virus Respiratorio Sincitial. Caracterización genética y mutaciones responsables de resistencia al anticuerpo monoclonal Nirsevimab. Estudio de la cobertura de las nuevas vacunas
- Infecciones por el SARS-CoV-2. Análisis de las nuevas variantes circulantes y escape vacunal
- Tuberculosis
- Caracterización molecular de los aislados de Mycobacterium tuberculosis: del spoligotyping y MIRU-VNTR a la WGS
- Aplicación de técnicas moleculares al diagnóstico y al estudio de la resistencia antituberculosa realizado directamente sobre muestras clínicas
- Comparación de las técnicas fenotípicas y genotípicas de susceptibilidad antibiótica en cepas de M. tuberculosis
- Infección por Helicobacter pylori
- Monitorizar la evolución temporal de la resistencia antimicrobiana (resistencias primarias, secundarias, multirresistencia…) entre las cepas obtenidas de pacientes pediátricos y adultos. Determinar la susceptibilidad a claritromicina, metronidazol, levofloxacino, tetraciclina, amoxicilina y rifampicina
- Caracterizar genotípicamente (MLST) e identificar los factores de virulencia de las cepas circulantes (cagA, vacA, dupA, babA, oipA), para analizar posibles asociaciones entre genotipos concretos y determinadas entidades nosológicas (carcinoma gástrico, linfoma MALT, úlcera…). Estudios de funcionalidad del factor de virulencia cagA
- Realizar estudios de fracaso/éxito de tratamiento erradicador, patogenicidad e implicación de H. pylori en el desarrollo del cáncer gástrico en colaboración con el Grupo de Enfermedades Gastrointestinales y otros grupos del Instituto de Investigación Sanitaria Biogipuzkoa.
- Estudio de la reinfección por H. pylori
- Determinar mediante WGS la presencia de múltiples cepas en muestras de pacientes que erradicaron y en pacientes con fallo al tratamiento de primera línea
- Estudio mediante WGS de la diversidad de las cepas a lo largo del tiempo y por la presión de los tratamientos en el mismo paciente y comparando cepas de diferentes pacientes
- Papel de H. pylori en la infección extra-gastrointestinal
- Estudio del microbioma y metaboloma respiratorio en la neumonía comunitaria grave
- Caracterizar el microbioma y el metaboloma del tracto respiratorio inferior de pacientes con neumonía grave (ingresados en Unidades de Cuidados Intensivos)
- Describir la evolución del microbioma pulmonar (diversidad, riqueza) y carga bacteriana de pacientes con neumonía grave adquirida en la comunidad que requieren ventilación mecánica (VM) ingresados en una Unidad de Cuidados Intensivos y su asociación con variables clínicas (días de VM, estancia en UCI, mortalidad)
- Analizar la evolución y asociaciones de los microbiomas fecales y pulmonares
- Evaluar la asociación del microbioma pulmonar con biomarcadores de inflamación y como indicador pronóstico en la evolución de la infección
- Comparar los resultados obtenidos mediante análisis de metagenómica (gen 16S rRNA) y Shotgun sequencing
- Resistencia bacteriana en bacterias Gram positivas
- Determinar la evolución de la resistencia antibiótica de Streptococcus pneumoniae en el tiempo: nuevos serotipos causantes de infección y sus determinantes genéticos de resistencia; influencia del consumo antibiótico en la población general en la resistencia; diseminación de clones multiresistentes tras la incorporación de las vacunas conjugadas
- Constatar el reemplazamiento de los “serotipos resistentes” como consecuencia de la comercialización de la vacuna conjugada 13-valente en 2010. Influencia de la vacunación infantil en la resistencia antibiótica
- Establecer los mecanismos de resistencia de Streptococcus pyogenes a los antibióticos macrólidos, tetraciclinas, y fluoroquinolonas
- Resistencia bacteriana en bacterias Gram negativas(BGN)
- Análisis genómico mediante WGS de las cepas de BGN resistentes a antibióticos carbapenémicos, caracterización de los mecanismos de resistencia, informes al PRAN
- Evaluación de las estrategias de prevención y control de las infecciones por BGN multirresistentes
Responsable de grupo
JOSE MARIA MARIMON ORTIZ DE ZARATE
INVESTIGADOR/A RESPONSABLE DE GRUPO
0000-0002-2787-7094
josemaria.marimonortizdez@osakidetza.eus
El Dr. José María Marimón Ortiz De Zárate es Licenciado en Farmacia por la Universidad de Santiago de Compostela (1989) y Doctor en Microbiología por la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea (EHU) (2000). Especialista en Microbiología y Parasitología Clínica vía FIR (1992-1995). Desde 1997 Facultativo Adjunto del Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Donostia (OSI Donostialdea). Jefe de Sección de Biología Molecular y Automatización desde 2013. Autor de 95 Publicaciones en revistas indexadas (90 en revistas internacionales y 5 en nacionales), 1 capítulo de libro y 3 Tesis Doctorales dirigidas. Más de 20 proyectos nacionales e internacionales competitivos concedidos, una patente internacional y una prueba diagnóstica comercializada. Desde 2011, es docente del Máster del Departamento de Medicina Preventiva y Salud Pública de la Facultad de Medicina de la EHU. Colaborador del grupo 26 del CIBERes (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias) desde junio de 2006 y Jefe del mismo durante 2017 y 2018. Vocal de la Junta Directiva de la SEIMC entre 2012 y 2015. El Dr. Marimón es Responsable del Área de Enfermedades Infecciosas desde 2024 y a su vez del Grupo de Epidemiologia Infecciosa y Resistencia Antimicrobiana del IIS Biogipuzkoa desde 2017.
Miembros
MARTA ALONSO ASENCOR
INVESTIGADOR/A POSTDOCTORAL
0000-0002-8909-4968
MAITANE ARANZAMENDI ZALDUMBIDE
INVESTIGADOR/A POSTDOCTORAL
0000-0003-2432-7078
MIRIAN ALKORTA GURRUTXAGA
INVESTIGADOR/A POSTDOCTORAL
0000-0002-1371-776X
MILAGROSA MONTES ROS
INVESTIGADOR/A POSTDOCTORAL
0000-0001-6554-4912
MAITE ELISA REKALDE HERNANDO
TÉCNICO/A SUPERIOR INVESTIGACIÓN
Producción científica
Machine learning for predicting the diagnosis of tuberculous versus malignant pleural effusion: External validation and accuracy in two different settings.
Garcia-Zamalloa, A, Arnay, R, Castilla-Rodriguez, I, Mar, J, Gonzalez-Cava, JM, Ibarrondo, O, Salegui, I, De Miguel, JA, Mugica, N, Aguinagalde, B, Zabaleta, J, Basauri, B, Alonso, M, Azcue, N, Gil, E, Garmendia, I, Taboada, J.
PLOS ONE, 20, 0-0 (2025)
Hemoptysis secondary to fistulization of gallstone to the lung.
Mainer, M, Lopez, I, Fernández-Monge, A, Alkorta, M, Lopez, P.
CIRUGIA ESPANOLA, 103, 121-123 (2025)
Rapid, Economical Detection of Helicobacter pylori Using Gold Colloidal Nanoparticle Biosensors.
Jiang, JY, Charconnet, M, Vergara, AG, Zhang, SX, Zhang, YH, Liang, Y, Zubiria, J, Sorarrain, A, Marimon, JM, Peng, Y, Zhang, L, Lawrie, CH.
ACS omega, 0-0 (2025)
Respiratory dysbiosis as prognostic biomarker of disease severity for adults with community-acquired pneumonia requiring mechanical ventilation.
Vidaur, L, Guridi, A, Leizaola, O, Marin, J, Rello, J, Sarasqueta, C, Sorarrain, A, Marimón, JM.
Pneumonia, 17, 0-0 (2025)
Severe invasive Streptococcus pyogenes infections: A 15-year observational study with molecular characterization of isolates among intensive care adults.
Vidaur, L, Azkarate, I, Salas, E, Ansa, I, Vicente, D, Rello, J, Montes, M.
Journal Of Intensive Medicine, 5, 336-343 (2025)
Electrophotographic Powder Application for Surface Functionalization of Polymer Parts with Thin Silver-Nanoadditivated Bactericidal Layers.
Kricke, JL, Ebert, N, Sorarrain, A, Roth, S, Fischer, D, Schmidt, M, Gökce, B, Marimón, JM, Kopp, SP, Doñate-Buendia, C.
Advanced Materials Technologies, 0-0 (2025)
Risk factors and outcome of acute kidney injury in critically ill patients with SARS-CoV-2 pneumonia: a multicenter study..
Oliva I, Ferré C, Daniel X, Cartanyà M, Villavicencio C, Salgado M, Vidaur L, Papiol E, de Molina FG, Bodí M, Herrera M, Rodríguez A.
Medicina Intensiva, 49, 15-24 (2025)
A One Health approach for the genomic characterization of antibiotic-resistant Campylobacter isolates using Nanopore whole-genome sequencing.
Hurtado, Ana, Ocejo, Medelin, Oporto, Beatriz, Lavin, Jose Luis, Rodriguez, Ruth, Marcos, Maria angeles, Urrutikoetxea-Gutierrez, Mikel, Alkorta, Miriam, Marimon, Jose Maria.
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 16, 1540210-1540210 (2025)
Two Outbreaks of Invasive Pneumococcal Disease in Nursing Homes in Gipuzkoa, Northern Spain.
Marimón, JM, Manzanal, A, Mokoroa, O, Alvarez, L, Rekalde, M, Vicente, D.
Vaccines, 13, 0-0 (2025)
Resilience and emergence of pneumococcal serotypes and lineages in adults post-PCV13 in Spain: A multicentre study..
Calvo-Silveria S, González-Díaz A, Marimón JM, Cercenado E, Quesada MD, Casabella A, Larrosa N, Berbel D, Alonso M, Bernat-Sole M, Saiz-Escobedo L, Yuste J, Martí S, Càmara J, Ardanuy C.
Journal of infection and public health, 18, 102619-102619 (2025)
Proyectos activos
INTENSIFICACION DE LA ACTIVIDAD INVESTIGADORA SANITARIA (CONVOCATORIA DE PROYECTOS DE INVESTIGACION EN SALUD) TXEMA MARIMON
Año de inicio: 2024
Importe concedido: 50.023,28€
Código: 2024222012
Fecha Inicio: 01/11/2024
Fecha finalización: 31/10/2026
Investigador Principal (IP): JOSE MARIA MARIMON ORTIZ DE ZARATEFinanciador: DEPARTAMENTO DE SALUD
SELF-DISINFECTING, SMART MICROFILMS FOR HEALTHCARE & COMMUNITY ACQUIRED INFECTIONS
Año de inicio: 2025
Importe concedido: 210.186,25€
Código: HE/EIC24/PATHFINDER/SAFETOUCH
Fecha Inicio: 01/01/2025
Fecha finalización: 30/04/2028
Investigador Principal (IP): JOSE MARIA MARIMON ORTIZ DE ZARATEFinanciador: COMISION EUROPEA - HORIZON EUROPE
RELECOV 2.0
Año de inicio: 2023
Importe concedido: 23.236,85€
Código: UE/2022/EU4HEALTH/RELECOV
Fecha Inicio: 01/07/2023
Fecha finalización: 31/03/2026
Investigador Principal (IP): JOSE MARIA MARIMON ORTIZ DE ZARATEFinanciador: COMISION EUROPEA - HORIZON EUROPE
CIBER ENFERMEDADES RESPIRATORIAS GRUPO JORDI RELLO HOSPITAL VALL HEBRON
Código: CB06/06/1090
Investigador Principal (IP): LORETO VIDAUR TELLOSERVICIO MEDICINA INTENSIVA
Año de inicio: 2017
Importe concedido: 1,00€
Código: BIOD/LIN/046
Fecha Inicio: 01/01/2017
Fecha finalización: 31/12/2050
Investigador Principal (IP): LORETO VIDAUR TELLOFinanciador: ASOCIACIÓN INSTITUTO DE INVESTIGACIÓN SANITARIA BIOGIPUZKOA
ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y PREVENIBLES POR VACUNACIÓN
Año de inicio: 2011
Importe concedido: 29.390,21€
Código: BIOD/LIN/005
Fecha Inicio: 01/11/2011
Fecha finalización: 31/12/2050
Investigador Principal (IP): EMILIO PEREZ TRALLEROInvestigador Principal (IP): JOSE MARIA MARIMON ORTIZ DE ZARATE
Financiador: FUNDACION VASCA DE INNOVACION E INVESTIGACION SANITARIAS
Financiador: ASOCIACIÓN INSTITUTO DE INVESTIGACIÓN SANITARIA BIOGIPUZKOA