Objetivos estratégicos
El Grupo tiene como Objetivos:
- Desarrollo de métodos computacionales para modelado de sistemas biológicos.
- Desarrollo de Inteligencia Artificial (IA) para predecir estructuras celulares y subcelulares.
- Desarrollo de IA para analizar historias clínicas.
- Integración mediante IA de historias clínicas, imágenes y datos ómicos para la comprensión enfermedades y envejecimiento.
- Estudio de la interacción entre variaciones genéticas y funciones celulares utilizando IA.
Líneas de investigación
- Predicción de novo de puntos críticos de regulación genómica como componentes básicos de modelos matemáticos de la interacción entre redes genéticas y epigenéticas
- Análisis de redes biológicas. Desarrollo de métodos para identificar la tipología y la dinámica de las redes biológicas analizando propiedades de las redes. Aplicación a células madre, reprogramación celular, estados patológicos, progresión de enfermedades y mecanismos de envejecimiento
- Identificación y caracterización de núcleos reguladores en redes pluripotentes, en células madre, en enfermedades y en el envejecimiento utilizando técnicas de IA
- Desarrollo de algoritmos para el análisis de datos de célula única con o sin información espacial utilizando técnicas de IA
- Desarrollo de herramientas computacionales para analizar e integrar datos ómicos de diferente naturaleza (transcriptómica, Chip-Seq, metilómica de ADN, marcas de histonas, expresión de microARN y proteómica)
- Desarrollo de algoritmos para la búsqueda de patrones de secuencia de ADN y palabras de ADN para construir diccionarios y gramáticas de ADN utilizando técnicas de IA
- Desarrollo de métodos de IA para integración de historias médicas, imágenes clínicas y datos ómicos para predecir condiciones de salud, enfermedades y envejecimiento
- Desarrollo de algoritmos para la identificación y caracterización de ADN y ARN circular a partir de datos de secuenciación e integración con otros datos ómicos
Responsable de grupo
MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
INVESTIGADOR/A RESPONSABLE DE GRUPO
IKERBASQUE RESEARCH PROFESSOR
0000-0002-3264-464X
marcosjesus.arauzobravo@bio-gipuzkoa.eus
El Dr. Marcos Araúzo Bravo es Ingeniero Industrial en Automática y Electrónica, Doctor de Tecnologías Industriales por la Universidad Politécnica de Cartagena y Doctor en Tecnología de la Información por el Instituto de Tecnología de Kyushu (KIT) de Japón en 2003 donde realizó además su Postdoctorado en 2006. De 2006 a 2014 inició y lideró el laboratorio de Biología Computacional y Bioinformática del Instituto Max Planck de Biomedicina Molecular de Münster (Alemania). De 1998 a 2004 Profesor Asociado de la Escuela Politécnica, Departamento de Ingeniería Electromecánica de la Universidad de Burgos. Coordinador, lider y participante de múltiples proyectos internacionales (FET CIRCULAR VISION, EraCoSysMed 4D-HEALING), nacionales y regionales, es asimismo miembro de CIBERfes (Centro de Investigación Biomédica en Red de Fragilidad y Envejecimiento Saludable) y de la Red Temática de Excelencia para Bioinformática Translacional (TransBioNet). Tiene más de 150 publicaciones en revistas como Science, Nature, Nature Cell Biology, Nature Chemical Biology, Journal American Chemical, Cell o Cell Stem Cell. Más de 11.200 citas en Google Scholar, índice H: 50 e índice i10: 1115 (Marzo 2022) y es, además, coinventor de 3 patentes registradas. Ha dirigido una Tesis Doctoral y dirige cuatro en la actualidad.
Miembros
MAITE UNZURRUNZAGA ALTUBE
INVESTIGADOR/A CLÍNICO ESTABLE
0000-0001-5888-0563
JULEN BOHOYO BENGOETXEA
INVESTIGADOR/A PREDOCTORAL
0009-0007-8518-4732
PATRICIA FERNANDEZ MORENO
INVESTIGADOR/A PREDOCTORAL
0009-0001-3574-2384
Producción científica
Spatial-Temporal Forecasting of Air Pollution in Saudi Arabian Cities Based on a Deep Learning Framework Enabled by AI.
Zrieq, R, Kamel, S, Al-Hamazani, F, Boubaker, S, Attili, R, Araúzo-Bravo, MJ.
Toxics, 13, 0-0 (2025)
DNA CIRCULOMICS IN MURINE DNASE KNOCKOUT MODELS OF SLE REVEALS ENRICHMENT OF CALCIUM SIGNALING PATHWAYS IN LIVER.
Gerovska, D, Kretz, A, Araúzo-Bravo, MJ.
JOURNAL OF RHEUMATOLOGY, 52, 139-140 (2025)
Circular extrachromosomal DNA (eccDNA): a potential diagnostic and prognostic tool to be introduced into the clinical practice of Inflammatory Bowel Disease.
Foscarini, E, Emoli,, Petito,, Di Vincenzo, F, Masi, L, Troisi, S, Pane, C, Piazzesi, A, Turchini, L, Pugliese, D, Laterza, L, Lopetuso, LR, Gerovska, D, Arauzo, M, Putignani, L, Regenberg, B, Gasbarrini, A, Scaldaferri, F.
JOURNAL OF CROHNS & COLITIS, 19, 565-566 (2025)
CIRCULAR EXTRACHROMOSOMAL DNA: A POTENTIAL DIAGNOSTIC AND PROGNOSTIC TOOL FOR CLINICAL PRACTICE IN IBD.
Foscarini, E, Emoli, V, Petito, F, Di Vincenzo, F, Masi, I, Troisi, S, Giuffrida, V, Piazzesi, A, Turchini, I, Pugliese, D, Laterza, I, Lopetuso, LR, Gerovska, D, Arauzo, M, Putignani, I, Regenberg, B, Gasbarrini, A, Scaldaferri, F.
DIGESTIVE AND LIVER DISEASE, 57, 0-0 (2025)
HUMAN EXTRACHROMOSOMAL CIRCULAR DNA (ECCDNA) IS A NOVEL BIOMARKER IN INFLAMMATORY BOWEL DISEASE.
Di Vincenzo, Petito, V, Gerovska, D, Piazzesi, A, Russo, A, Turchini, L, Emoli, V, Lopetuso, LR, Regenberg, B, Gasbarrini, A, Putignani, L, Arauzo-Bravo, MJ, Scaldaferri, F.
DIGESTIVE AND LIVER DISEASE, 57, 0-0 (2025)
Inhibition of PCSK9 Attenuates Liver Endothelial Cell Activation Induced by Colorectal Cancer Stem Cells During Liver Metastasis.
Martin, A, Gerovska, D, Arauzo-Bravo, MJ, García-Escudero, MD, García, HG, Bañares, I, Fontal, N, Siegfried, G, Evrad, S, Pernot, S, Khatib, AM, Badiola, I.
Cancers, 17, 0-0 (2025)
Human Extrachromosomal Circular DNA (EccDNA) is a Novel Biomarker in Inflammatory Bowel Disease.
Di Vincenzo, F, Petito,, Gerovska, D, Piazzesi, A, Russo, A, Turchini, L, Masi, L, Lopetuso, LR, Regenberg, B, Gasbarrini, A, Putignani, L, Aruzo-Bravo, MJ, Scaldaferri, F.
JOURNAL OF CROHNS & COLITIS, 19, 377-377 (2025)
Small extrachromosomal circular DNA in amyotrophic lateral sclerosis matter..
Araúzo-Bravo MJ, Gerovska D, Schwab M, Kretz A.
NEURAL REGENERATION RESEARCH, 20, 1411-1413 (2025)
Balancing Early Detection and Overtreatment in Prostate Cancer: The Emerging Role of EpihTERT..
Santourlidis S, Araúzo-Bravo MJ, Hassan M, Bendhack ML.
Cancers, 17, 0-0 (2025)
Multipotent neural stem cells originating from neuroepithelium exist outside the mouse central nervous system.
Han, Dong, Xu, Wan, Jeong, Hyun-Woo, Park, Hongryeol, Weyer, Kathrin, Tsytsyura, Yaroslav, Stehling, Martin, Wu, Guangming, Lan, Guocheng, Kim, Kee-Pyo, Renner, Henrik, Han, Dong Wook, Chen, Yicong, Gerovska, Daniela, Arauzo-Bravo, Marcos J., Klingauf, Juergen, Schwamborn, Jens Christian, Adams, Ralf H., Liu, Pentao, Schoeler, Hans R..
NATURE CELL BIOLOGY, 0-0 (2025)