Inicio → Apoyo I+D+i → Plataformas → Genómica

Plataformas

Genómica

La Plataforma Genómica (PG) proporciona un apoyo integral, tanto experimental como intelectual en actividades relacionadas con el estudio de genes y genomas. Nuestros servicios abarcan desde la purificación y el control de calidad de las muestras biológicas, hasta la secuenciación de tercera generación.

La plataforma está a disposición del personal de Biogipuzkoa, de OSI Donostialdea, así como de la comunidad científica del entorno. La instalación ofrece todo tipo de servicios, así como asistencia con diseño experimental, resolución de problemas y análisis de datos. Consulte nuestro menú para obtener información detallada sobre los servicios ofrecidos, los instrumentos disponibles y las tarifas actuales. Instrumentos como lectores de microplacas, extractor de ácidos nucleicos, qPCR y ddPCR están a la disposición de usuarios que acrediten suficiente conocimiento de uso.

Si desea realizar consultas sobre servicios que no figuran aquí, póngase en contacto con nosotras.

Contacto : 943 00 61 07

 

Responsable de área

ANA GOROSTIDI PAGOLA

Responsable de Plataforma

0000-0002-5494-4512

Miembros

Tarifas

Póngase en contacto con la responsable de la Plataforma Genómica para un presupuesto personalizado de cada proyecto y los servicios que requiera:

Solicitudes

Póngase en contacto con la responsable de la Plataforma Genómica para un presupuesto personalizado de cada proyecto.

Para solicitar los diferentes servicios de la Plataforma se debe enviar por email el formulario de solicitud correspondiente debidamente cumplimentado, previa entrega de las muestras. 

La primera vez que se realice una petición habrá que facilitar los datos de facturación a la misma dirección.

Formularios de solicitud:

Redes y certificados

La Plataforma Genómica del IIS Biogipuzkoa es agente referente para la utilización de la tecnología Ion Torrent.

 

La Plataforma gestiona sus procesos siguiendo las directrices de la Norma UNE-EN ISO 9001:2015 estando su Sistema de Gestión de Gestión de la Calidad certificado por AENOR, lo que supone un valor añadido a la labor desempeñada por la Plataforma, sobre todo de cara a los peticionarios externos de sus servicios, aportando confianza sobre el grado de Calidad que se aplica en el tratamiento de sus solicitudes.

Equipamiento

EQUIPO

Proveedor

SeqStudio

ThermoFisher Scientific

Rhapsody-Escáner

BD Bioscience

PipetMax

Gilson

QX200 PCR Digital

Bio-Rad

Maxwell RSC

Promega

QIAxcel

Qiagen

PippinPrep

Sage Science

TapeStation 4150

Agilent

Espectrofotómetro Nanodrop

ThermoFisher Scientific

Qubit

ThermoFisher Scientific

GloMax Discover

Promega

Haloled96

Dynamica

CFX Opus384

Bio-Rad

CFX 384

Bio-Rad

CFX 96

Bio-Rad

LC96

Roche

Termociclador 2720

Applied Biosytems

Termociclador Veriti 96

Applied Biosytems

Termociclador VeritiPro (2 unidades)

Applied Biosytems

GeneChip Hybridization Oven 640

Affymetrix

Sonicador

Ultrasons

Servicios ofrecidos

Los distintos servicios se ofrecen bien en modo de servicio autónomo, previa acreditación por parte de la persona usuaria de su experiencia o bien delegándolos en el personal del servicio.

La secuenciación capilar o Sanger continúa siendo el gold-standard en la determinación de polimorfismos (SNP), caracterización de plásmidos, análisis de microsatélites y expansiones, validación de resultados NGS, etc. La versatilidad y rapidez de ejecución de la tecnología hacen de este equipo un indispensable en el laboratorio.

El Analizador Genético SeqStudio emplea la tecnología de electroforesis capilar en carreras simultáneas de 4 capilares, con capacidad de detección de 6 fluoróforos. La PG ofrece un servicio optimizado end-to-end atendiendo a la flexibilidad que los investigadores requieran.

La Plataforma Genómica ofrece acceso a tecnologías de secuenciación de nueva generación (NGS) multiplataforma de última generación. La secuenciación de nueva generación ha impulsado importantes avances en la investigación genómica durante las últimas dos décadas y ahora es fundamental en numerosos estudios de investigación. La PG ofrece acceso a plataformas NGS de lectura corta (Ilumina o PacBio) y de lectura larga (Oxford Nanopore), incluyendo un sistema de secuenciación de células individuales de BD Bioscience.


Ofrecemos todo tipo de aplicaciones NGS y soluciones end-to-end, desde el diseño del experimento, control de calidad de la muestra, secuenciación, hasta el análisis bioinformático. Además de las aplicaciones tarifadas, trabajamos en proyectos personalizados. Gracias a nuestras colaboraciones con terceros podemos ofrecer la química y el sistema (Illumina, Ion, Nanopore, PacBio) más puntero y que mejor se ajuste a cada proyecto.

PipetMax es una solución de pipeteo automatizada para el procesamiento eficiente de ensayos biológicos de alto rendimiento. Ayuda a mejorar la precisión, la reproducibilidad y la consistencia entre todas las muestras procesadas. La ubicación del sistema dentro de una campana de flujo laminar, lo integra en el flujo de trabajo de la secuenciación masiva perfectamente, evitando contaminaciones no deseadas.

La secuenciación de células individuales consiste en el análisis del genoma y el transcriptoma de células y núcleos de forma individual. Esta tecnología permite comprender las respuestas de las subpoblaciones celulares a las señales ambientales y explorar así la biología específica de células individuales en tejidos complejos.

El sistema BD Rhapsody™HT permite un procesamiento flexible de muestras y la captura desde cientos hasta cientos de miles de células individuales, mediante una tecnología de cartuchos de micropocillos suave y robusta, y un sistema de códigos de barras multicapa habilitado por la tecnología de microesferas mejoradas. Se pueden procesar varias muestras en una sola ejecución al utilizar anticuerpos multiplexados de BD. La información celular capturada se utiliza para generar varios tipos de librerías para la secuenciación de próxima generación.

El escáner BD Rhapsody™ está diseñado para visualizar todos los pasos del flujo de trabajo de captura de células individuales y proporcionar métricas de análisis detalladas en cada etapa, lo que permite al usuario tomar decisiones clave durante todo el proceso. El escáner se ha rediseñado para ser compatible con el sistema BD Rhapsody™ HT Xpress y el cartucho BD Rhapsody™ de 8 carriles para aplicaciones de alto rendimiento, lo que permite un flujo de trabajo con múltiples muestras.

Recomendamos contactar con el servicio en la fase de planificación del proyecto. Estaremos encantadas de elaborar juntos la mejor estrategia, empezando por la idea del proyecto, la elección de las tecnologías, la preparación de muestras, la generación de datos, la gestión y los procedimientos de análisis.

La PCR cuantitativa a tiempo real (qPCR) es el método de referencia para la cuantificación precisa y sensible de secuencias específicas de ácidos nucleicos en muestras biológicas. Combina ensayos basados en fluorescencia con la reacción en cadena de la polimerasa convencional para amplificar y detectar simultáneamente la acumulación del producto de PCR a tiempo real. Los cambios en la fluorescencia medidos durante la amplificación inicial son directamente proporcionales a la cantidad de ADN o ARN diana de partida, lo que constituye la base del análisis cuantitativo posterior.

La qPCR tiene una amplia gama de aplicaciones en diversas áreas de la investigación científica, el diagnóstico y la biotecnología. Las aplicaciones comunes emplean métodos cuantitativos relativos, como en el perfilado de la expresión génica. Otros métodos requieren una cuantificación absoluta, como la determinación del número de copias de genes o la carga viral, y la validación de bibliotecas para la secuenciación. Esta tecnología también se puede utilizar para la discriminación alélica y la detección de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP).

Se puede elegir entre soportes de 96/384 pocillos, TLDA (placas 384 predispensadas)* y Open Array* (más de 3000 pocillos predispensados).
*Modalidades habilitados en colaboración con terceros (sistema QuantStudio 12K Flex) y en los que el investigador se ceñirá a suministrar las placas predispensadas y las muestras preprocesadas.

El sistema “digital droplet PCR” de BioRad está formado por un generador de gotas, el sellador de placas, un termociclador y el lector QX200. Proporciona una cuantificación absoluta y precisa de moléculas de ADN o ARN utilizando como fluorocromo intercalante EvaGreen o mediante el uso de sondas específicas.

La partición de gotas mediante la tecnología QX200 Droplet Digital reduce el sesgo debido a la eficiencia de amplificación y a los inhibidores de la PCR. Además, al no requerir curvas estándar el diseño de ensayo es muy sencillo.

El control de calidad (QC) de las muestras es un paso decisivo en todo proyecto. Tanto antes de comenzar con el flujo de trabado como al término de esta, según las técnicas utilizadas, se requerirá de un sistema o varios. El QC de las muestras es importante para aplicaciones posteriores como la secuenciación de última generación (NGS), la PCR, qPCR, la transfección y los inmunoensayos.

Tape Station 4150

El sistema TapeStation 4150 es una plataforma de electroforesis automatizada para el control de calidad de muestras de ácidos nucleicos. Permite un análisis rápido, sencillo y fiable de muestras de ADN y ARN, hasta 16 muestras por ejecución. Con sólo 1-2ul de muestra obtendremos información de la integridad, concentración y tamaño de la muestra. Este sistema es indispensable para el control de calidad (CC) de muestras de ARN y ADN en flujos de trabajo de microarrays y de secuenciación de nueva generación (NGS).

Qubit

El fluorímetro Qubit detecta colorantes fluorescentes que se unen de forma específica a la molécula diana. Los ensayos Qubit optimizados, pueden distinguir el dsADN del ssADN o el ARN intacto del degradado, incluso en cantidades extremadamente pequeñas o en presencia de contaminantes.

Nanodrop

Un rápido análisis de absorbancia y fluorescencia en un único paso sin kits ni reactivos adicionales. Se obtienen valores de concentración corregidos e identifica las impurezas comunes que se encuentran en las muestras de ácidos nucleicos y proteínas.

La plataforma ofrece la posibilidad de realizar ensayos ELISA para analitos disponibles en el mercado, como proceso delegado completamente a la PG.

GLOMAX Discover

El equipo GloMax es un sistema abierto para la lectura de Luminiscencia, Fluorescencia, Absorbancia y BRET & FRET en formatos de 6 hasta 384 pocillos. Su alta sensibilidad a la luminiscencia, amplio rango dinámico y su capacidad de realizar medidas cinéticas, son algunas de sus propiedades que lo hacen indispensable en tantos proyectos.

Haloled96

Lector de placas para Absorbancia con tecnología LED inteligente.

Maxwell® RSC

El Maxwell® RSC es una plataforma compacta y automatizada para la purificación de ácidos nucleicos que procesa hasta 16 muestras simultáneamente. Mediante cartuchos precargados y métodos preprogramados, el Maxwell® RSC ofrece una extracción de ADN o ARN consistente y fiable en 25-60 minutos, según el tipo de muestra.

En la página web de Promega podéis encontrar información sobre protocolos, así como los ensayos disponibles:  Protocolos & kits

El Servicio de Genómica del IIS Biogipuzkoa ofrece el servicio completo de genotipado de ratón. Nos ocupamos del chipado de las crías de ratón, extracción de ADN, amplificación por PCR y análisis en geles de agarosa o análisis de discriminación alélica en el caso de ensayos para RT-PCR. Los resultados obtenidos se envían por correo electrónico al usuario.

Los usuarios deberán proporcionar al personal del servicio información sobre las secuencias de los oligos a emplear, las condiciones de la PCR y los tamaños de los fragmentos esperados. Además, se proporcionarán muestras de ADN o animales control para los diferentes genotipos esperados.

Las distintas tarifas contemplan la posibilidad de incluir o no el chipado de los ratones, así como de ensayos con una sola PCR o dos. El usuario aportará en todos los casos los reactivos y oligos para las PCRs e igualmente correrá con los gastos generados desde la Plataforma del Animalario y Quirófano Experimental, así como con los de los geles de agarosa si fueran necesarios.

En la Plataforma Genómica, ofrecemos un soporte bioinformático experto para maximizar el impacto científico de los proyectos de investigación. Nuestro servicio proporciona una visión global del análisis de datos, asegurando la aplicación de las buenas prácticas de investigación, desde el diseño experimental hasta la interpretación final de los resultados. Ayudamos a obtener el máximo valor de los datos, ya sean generados en nuestra plataforma o en posesión previa del investigador.

Servicios de Análisis de Datos NGS

Ofrecemos un catálogo completo de análisis estandarizados, diseñados para cubrir las necesidades clave en proyectos de secuenciación de alto rendimiento.
– Análisis de RNA-seq (mRNA, Total y Single-cell)
– Análisis de Small RNA-seq
– Análisis de Secuenciación del Genoma (srWGS) y Exoma (WES)
– Análisis de 16S/ITS
– Análisis de Long-read DNA/RNA
– Otros análisis ómicos.

Soluciones a Medida y Asesoramiento Experto

Nuestro servicio está diseñado para adaptarse completamente a las particularidades del proyecto, ofreciendo soluciones a medida y asesoramiento experto en cada etapa.

  • Análisis Personalizados a Medida
    Si tu proyecto requiere un flujo de trabajo avanzado, el uso de herramientas especializadas, o análisis complejos que no están en el catálogo estándar, diseñamos y ejecutamos soluciones totalmente personalizadas. Simplemente consulta tus necesidades y te propondremos la metodología más adecuada.
  • Asesoramiento Bioinformático
    Te brindamos soporte experto y la posibilidad de resolver todas tus consultas, incluyendo:
    • Diseño experimental (previo a la generación de datos).
    • Guía en la interpretación de resultados para su publicación.
    • Apoyo en la respuesta a las peticiones de los revisores.
  • Automatización de Procesos
    Si realizas tareas de análisis de datos de forma repetitiva, desarrollamos algoritmos y scripts a medida para automatizar tus flujos de trabajo, garantizando la eficiencia y reproducibilidad. Esto incluye:
    • Creación de macros en ImageJ para análisis de imágenes.
    • Automatización de análisis en hojas de cálculo (ej. Excel).
    • Estandarización y modificación de formatos de datos para facilitar la integración y el análisis.