Objetivos estratégicos
Este grupo se dedica al estudio de la epidemiologia de los agentes infecciosos desde diferentes puntos de vista, como son la incidencia en diferentes grupos de población, la influencia de las nuevas vacunas, su caracterización molecular y la aplicación de nuevas técnicas de secuenciación masiva a su estudio.
El aumento de la resistencia antimicrobiana es un reto presente y de futuro para la salud humana lo que hace imprescindible su investigación y seguimiento.
Líneas de investigación
- Infección por Streptococcus pneumoniae
- Infección neumocócica invasiva pediátrica y en adultos: incidencia, serotipos y genotipos
- Infección neumocócica no invasiva: otitis y conjuntivitis. Serotipos y genotipos
- Estudios vacunales. Impacto de las nuevas vacunas conjugadas 20- y 21-valente. Comparación con la vacuna conjugada 13-valente. Estrategias de vacunación
- Caracterización mediante WGS de aislamientos de S. pneumoniae de especial interés clínico, epidemiológico y de resistencia
- Infección por Streptococcus pyogenes
- Estudio de la resistencia a antimicrobianos en general y en función de la presentación clínica
- Incidencia y caracterización (genotipos y exotoxinas) de cepas en función de la presentación clínica: enfermedad invasora, infección respiratoria, otitis, vaginitis, infección dérmica, etc
- Neumonía por S. pyogenes. Aspectos clínico-epidemiológicos
- Reinfecciones por S. pyogenes
- Infección respiratoria causada por virus
- Infecciones por virus Influenza. Caracterización genética (WGS) de las cepas estacionales (H1p, H3)
- Estudio de la resistencia a antivirales en los virus Influenza
- Infecciones por Virus Respiratorio Sincitial. Caracterización genética y mutaciones responsables de resistencia al anticuerpo monoclonal Nirsevimab. Estudio de la cobertura de las nuevas vacunas
- Infecciones por el SARS-CoV-2. Análisis de las nuevas variantes circulantes y escape vacunal
- Tuberculosis
- Caracterización molecular de los aislados de Mycobacterium tuberculosis: del spoligotyping y MIRU-VNTR a la WGS
- Aplicación de técnicas moleculares al diagnóstico y al estudio de la resistencia antituberculosa realizado directamente sobre muestras clínicas
- Comparación de las técnicas fenotípicas y genotípicas de susceptibilidad antibiótica en cepas de M. tuberculosis
- Infección por Helicobacter pylori
- Monitorizar la evolución temporal de la resistencia antimicrobiana (resistencias primarias, secundarias, multirresistencia…) entre las cepas obtenidas de pacientes pediátricos y adultos. Determinar la susceptibilidad a claritromicina, metronidazol, levofloxacino, tetraciclina, amoxicilina y rifampicina
- Caracterizar genotípicamente (MLST) e identificar los factores de virulencia de las cepas circulantes (cagA, vacA, dupA, babA, oipA), para analizar posibles asociaciones entre genotipos concretos y determinadas entidades nosológicas (carcinoma gástrico, linfoma MALT, úlcera…). Estudios de funcionalidad del factor de virulencia cagA
- Realizar estudios de fracaso/éxito de tratamiento erradicador, patogenicidad e implicación de H. pylori en el desarrollo del cáncer gástrico en colaboración con el Grupo de Enfermedades Gastrointestinales y otros grupos del Instituto de Investigación Sanitaria Biogipuzkoa.
- Estudio de la reinfección por H. pylori
- Determinar mediante WGS la presencia de múltiples cepas en muestras de pacientes que erradicaron y en pacientes con fallo al tratamiento de primera línea
- Estudio mediante WGS de la diversidad de las cepas a lo largo del tiempo y por la presión de los tratamientos en el mismo paciente y comparando cepas de diferentes pacientes
- Papel de H. pylori en la infección extra-gastrointestinal
- Estudio del microbioma y metaboloma respiratorio en la neumonía comunitaria grave
- Caracterizar el microbioma y el metaboloma del tracto respiratorio inferior de pacientes con neumonía grave (ingresados en Unidades de Cuidados Intensivos)
- Describir la evolución del microbioma pulmonar (diversidad, riqueza) y carga bacteriana de pacientes con neumonía grave adquirida en la comunidad que requieren ventilación mecánica (VM) ingresados en una Unidad de Cuidados Intensivos y su asociación con variables clínicas (días de VM, estancia en UCI, mortalidad)
- Analizar la evolución y asociaciones de los microbiomas fecales y pulmonares
- Evaluar la asociación del microbioma pulmonar con biomarcadores de inflamación y como indicador pronóstico en la evolución de la infección
- Comparar los resultados obtenidos mediante análisis de metagenómica (gen 16S rRNA) y Shotgun sequencing
- Resistencia bacteriana en bacterias Gram positivas
- Determinar la evolución de la resistencia antibiótica de Streptococcus pneumoniae en el tiempo: nuevos serotipos causantes de infección y sus determinantes genéticos de resistencia; influencia del consumo antibiótico en la población general en la resistencia; diseminación de clones multiresistentes tras la incorporación de las vacunas conjugadas
- Constatar el reemplazamiento de los “serotipos resistentes” como consecuencia de la comercialización de la vacuna conjugada 13-valente en 2010. Influencia de la vacunación infantil en la resistencia antibiótica
- Establecer los mecanismos de resistencia de Streptococcus pyogenes a los antibióticos macrólidos, tetraciclinas, y fluoroquinolonas
- Resistencia bacteriana en bacterias Gram negativas(BGN)
- Análisis genómico mediante WGS de las cepas de BGN resistentes a antibióticos carbapenémicos, caracterización de los mecanismos de resistencia, informes al PRAN
- Evaluación de las estrategias de prevención y control de las infecciones por BGN multirresistentes
Responsable de grupo
JOSE MARIA MARIMON ORTIZ DE ZARATE
INVESTIGADOR/A RESPONSABLE DE GRUPO
0000-0002-2787-7094
josemaria.marimonortizdez@osakidetza.eus
El Dr. José María Marimón Ortiz De Zárate es Licenciado en Farmacia por la Universidad de Santiago de Compostela (1989) y Doctor en Microbiología por la Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea (EHU) (2000). Especialista en Microbiología y Parasitología Clínica vía FIR (1992-1995). Desde 1997 Facultativo Adjunto del Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Donostia (OSI Donostialdea). Jefe de Sección de Biología Molecular y Automatización desde 2013. Autor de 95 Publicaciones en revistas indexadas (90 en revistas internacionales y 5 en nacionales), 1 capítulo de libro y 3 Tesis Doctorales dirigidas. Más de 20 proyectos nacionales e internacionales competitivos concedidos, una patente internacional y una prueba diagnóstica comercializada. Desde 2011, es docente del Máster del Departamento de Medicina Preventiva y Salud Pública de la Facultad de Medicina de la EHU. Colaborador del grupo 26 del CIBERes (Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Respiratorias) desde junio de 2006 y Jefe del mismo durante 2017 y 2018. Vocal de la Junta Directiva de la SEIMC entre 2012 y 2015. El Dr. Marimón es Responsable del Área de Enfermedades Infecciosas desde 2024 y a su vez del Grupo de Epidemiologia Infecciosa y Resistencia Antimicrobiana del IIS Biogipuzkoa desde 2017.
Miembros
MARTA ALONSO ASENCOR
INVESTIGADOR/A POSTDOCTORAL
0000-0002-8909-4968
MAITANE ARANZAMENDI ZALDUMBIDE
INVESTIGADOR/A POSTDOCTORAL
0000-0003-2432-7078
MIRIAN ALKORTA GURRUTXAGA
INVESTIGADOR/A POSTDOCTORAL
0000-0002-1371-776X
MILAGROSA MONTES ROS
INVESTIGADOR/A POSTDOCTORAL
0000-0001-6554-4912
MAITE ELISA REKALDE HERNANDO
TÉCNICO/A SUPERIOR INVESTIGACIÓN
Producción científica
Machine learning for predicting the diagnosis of tuberculous versus malignant pleural effusion: External validation and accuracy in two different settings.
Garcia-Zamalloa, A, Arnay, R, Castilla-Rodriguez, I, Mar, J, Gonzalez-Cava, JM, Ibarrondo, O, Salegui, I, De Miguel, JA, Mugica, N, Aguinagalde, B, Zabaleta, J, Basauri, B, Alonso, M, Azcue, N, Gil, E, Garmendia, I, Taboada, J.
PLOS ONE, 20, 0-0 (2025)
Hemoptysis secondary to fistulization of gallstone to the lung.
Mainer, M, Lopez, I, Fernández-Monge, A, Alkorta, M, Lopez, P.
CIRUGIA ESPANOLA, 103, 121-123 (2025)
Rapid, Economical Detection of Helicobacter pylori Using Gold Colloidal Nanoparticle Biosensors.
Jiang, JY, Charconnet, M, Vergara, AG, Zhang, SX, Zhang, YH, Liang, Y, Zubiria, J, Sorarrain, A, Marimon, JM, Peng, Y, Zhang, L, Lawrie, CH.
ACS omega, 0-0 (2025)
Respiratory dysbiosis as prognostic biomarker of disease severity for adults with community-acquired pneumonia requiring mechanical ventilation.
Vidaur, L, Guridi, A, Leizaola, O, Marin, J, Rello, J, Sarasqueta, C, Sorarrain, A, Marimón, JM.
Pneumonia, 17, 0-0 (2025)
Severe invasive Streptococcus pyogenes infections: A 15-year observational study with molecular characterization of isolates among intensive care adults.
Vidaur, L, Azkarate, I, Salas, E, Ansa, I, Vicente, D, Rello, J, Montes, M.
Journal Of Intensive Medicine, 5, 336-343 (2025)
Electrophotographic Powder Application for Surface Functionalization of Polymer Parts with Thin Silver-Nanoadditivated Bactericidal Layers.
Kricke, JL, Ebert, N, Sorarrain, A, Roth, S, Fischer, D, Schmidt, M, Gökce, B, Marimón, JM, Kopp, SP, Doñate-Buendia, C.
Advanced Materials Technologies, 0-0 (2025)
Risk factors and outcome of acute kidney injury in critically ill patients with SARS-CoV-2 pneumonia: a multicenter study..
Oliva I, Ferré C, Daniel X, Cartanyà M, Villavicencio C, Salgado M, Vidaur L, Papiol E, de Molina FG, Bodí M, Herrera M, Rodríguez A.
Medicina Intensiva, 49, 15-24 (2025)
A One Health approach for the genomic characterization of antibiotic-resistant Campylobacter isolates using Nanopore whole-genome sequencing.
Hurtado, Ana, Ocejo, Medelin, Oporto, Beatriz, Lavin, Jose Luis, Rodriguez, Ruth, Marcos, Maria angeles, Urrutikoetxea-Gutierrez, Mikel, Alkorta, Miriam, Marimon, Jose Maria.
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 16, 1540210-1540210 (2025)
Two Outbreaks of Invasive Pneumococcal Disease in Nursing Homes in Gipuzkoa, Northern Spain.
Marimón, JM, Manzanal, A, Mokoroa, O, Alvarez, L, Rekalde, M, Vicente, D.
Vaccines, 13, 0-0 (2025)
Resilience and emergence of pneumococcal serotypes and lineages in adults post-PCV13 in Spain: A multicentre study..
Calvo-Silveria S, González-Díaz A, Marimón JM, Cercenado E, Quesada MD, Casabella A, Larrosa N, Berbel D, Alonso M, Bernat-Sole M, Saiz-Escobedo L, Yuste J, Martí S, Càmara J, Ardanuy C.
Journal of infection and public health, 18, 102619-102619 (2025)
Proyectos activos
NEW INHALATION FORMULATIONS FOR IMPROVED DELIVERY OF ANTIMICROBIALS
Año de inicio: 2025
Importe concedido: 114.395,81€
INTENSIFICACION DE LA ACTIVIDAD INVESTIGADORA SANITARIA (CONVOCATORIA DE PROYECTOS DE INVESTIGACION EN SALUD) TXEMA MARIMON
Año de inicio: 2024
Importe concedido: 50.023,28€
SELF-DISINFECTING, SMART MICROFILMS FOR HEALTHCARE & COMMUNITY ACQUIRED INFECTIONS
Año de inicio: 2025
Importe concedido: 210.186,25€
INFECCION RESPIRATORIA Y RESIST. ANTIMICROBIANA
Año de inicio: 2024
Importe concedido: 3.200,00€
RELECOV 2.0
Año de inicio: 2023
Importe concedido: 23.236,85€
INTENSIFICACION DE LA ACTIVIDAD INVESTIGADORA SANITARIA (CONVOCATORIA DE PROYECTOS DE INVESTIGACION EN SALUD) LORETO VIDAUR
Año de inicio: 2022
Importe concedido: 62.940,51€
IN VITRO DIAGNOSTICS CORONAVIRUS TESTING
Año de inicio: 2022
NUEVAS ESTRATEGIAS TERAPEUTICAS EN EL ABORDAJE DE LAS RESISTENCIAS ANTIMICROBIANAS. RESIST
Año de inicio: 2021
Importe concedido: 19.985,40€
DESARROLLO DE UNA TECNICA DE AMPLIFICACION ISOTERMICA (LAMP) PARA LA DETECCION DIRECTA DEL SARSCOV-2 EN SALIVA.
Año de inicio: 2021
Importe concedido: 18.123,38€
ANALISIS DE 25 MUESTRAS DE CHAGAS MEDIANTE EL ANALIZADOR COBAS®E801 DE ROCHE DIAGNOSTICS
Año de inicio: 2021
Importe concedido: 1.250,00€
CIBER ENFERMEDADES RESPIRATORIAS GRUPO JORDI RELLO HOSPITAL VALL HEBRON
CORONA-TEST DETECCION ESPECIFICA DE CORONAVIRUS UTILIZANDO UNA TECNOLOGÍA PROPIETARIA DE SOMAPROBES MEDIANTE SONDAS DE OLIGONUCLEOTIDOS
Año de inicio: 2020
Importe concedido: 8.258,34€
RED COLABORATIVA MULTIDISCIPLINAR PARA LA VIGILANCIA DE BACTERIAS CON RESISTENCIA ANTIBIOTICA EN LA CAPV
Año de inicio: 2020
Importe concedido: 69.358,00€
EVALUACIÓN DE LA EFECTIVIDAD DE LA VACUNA ANTIGRIPAL FRENTE A LA HOSPITALIZACIÓN DE CASOS DE INFECCIÓN RESPIRATORIA AGUDA GRAVE (IRAG) CONFIRMADA DE GRIPE, EN MAYORES DE 64 AÑOS EN ESPAÑA. COMPONENTE ESPAÑOL DEL ESTUDIO MULTICÉNTRICO EUROPEO
Año de inicio: 2018
Importe concedido: 25.000,00€
ESTUDIO DE LA ALTERACION DEL MICROBIOMA RESPIRATORIO EN PACIENTES CON NEUMONIA GRAVE ADQUIRIDA EN LA COMUNIDAD Y SU RELACION CON LOS BIOMARCADORES DE INFLAMACION
Año de inicio: 2018
Importe concedido: 93.170,00€
STREPTOCOCCUS PYOGENES VIGILANCIA DE LA RESISTENCIA ANTIBIOTICA EN FUNCION DE LA LOCALIZACION ANATOMICA DE LA INFECCION, EPIDEMIOLOGIA DE LA INFECCION INVASIVA E INFECCIONES RECURRENTES EN GIPUZKOA 2013 2018
Año de inicio: 2017
Importe concedido: 25.284,00€
SERVICIO MEDICINA INTENSIVA
Año de inicio: 2017
Importe concedido: 1,00€
EPIDEMIOLOGIA MOLECULAR DE LA TUBERCULOSIS EN LA COMUNIDAD AUTONOMA DEL PAIS VASCO. DIVERSIDAD DE LAS CEPAS AUTOCTONAS E IMPORTADAS. ESTUDIO GENETICO DE LA RESISTENCIA ANTIBIÓTICA
Año de inicio: 2016
Importe concedido: 38.950,00€
AYUDAS PARA LA REALIZACION DE ESTANCIAS CORTAS EN CENTROS DISTINTOS AL DE APLICACION DE LOS PROGRAMAS DE FORMACION Y PERFECCIONAMIENTO DE PERSONAL INVESTIGADOR. AINARA ARANA SALAVERRIA
Año de inicio: 2015
BIOPATRONES: SOPORTE TECNOLÓGICO A LA TOMA DE DECISIONES BASADO EN PATRONES BIOQUÍMICOS Y GENÉTICOS COMPLEJOS
Año de inicio: 2014
Importe concedido: 72.466,00€
NUEVOS PRODUCTOS PARA LA SALUD REPRODUCTIVA Y PRENATAL. NEOBIO.
Año de inicio: 2012
EFECTO DE LA SUPLEMETNACION CON VITAMINA D EN LA PREVENCION DE LAS BRONQUITIS AGUDAS DURANTE EL PRIMER AÑO DE VIDA.
Año de inicio: 2012
EUROPEAN ROTAVIRUS STRAIN SURVEILLANCE NETWORK
Año de inicio: 2012
Importe concedido: 94.258,00€
ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y PREVENIBLES POR VACUNACIÓN
Año de inicio: 2011
Importe concedido: 29.390,21€
ESTUDIO MOLECULAR DE STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
Año de inicio: 2011
Importe concedido: 72.906,04€
BECA FORMACION INVESTIGADOR - MODALIDAD PREDOCTORAL (AE) - AINARA ARANA SALAVERRIA Titulo:GASTROENTERITIS VÍRICA EN GIPUZKOA:INCIDENCIA DE LA INFECCIÓN POR ROTAVIRUS Y NOROVIRUS GENOLIPOS CIRCULANTES Y ESTIMACIÓN DEL BENEFICIO ECONÓMICO DE LA APLICACIÓN DE UN SISTEMA DE VACUNACIÓN UNIVERSAL FRENTE A ROTAVIRUS
Año de inicio: 2012
Importe concedido: 48.231,42€
PRECARDIO: DESARROLLO DE NUEVOS METODOS DE DIAGNÓSTICO DE CARDIOPATIAS NEONATALES MEDIANTE TECNOLOGÍAS GENÓMICAS Y METABOLOMICAS
Año de inicio: 2010
Importe concedido: 47.000,00€
CONTRATO RIO HORTEGA MARTA ALONSO ASENCOR
Año de inicio: 2011
Importe concedido: 64.800,00€